慶長4年(1599)に開基、京都知恩院の末寺で浄土宗のお寺です。丹後ちりめんの創始者の一人、木綿屋六兵衛の菩提寺であり、本尊阿弥陀如来は宝暦年中(1751〜1764)に尾藤家によって寄進されたものです。
江戸時代の伽藍文化を表した楼門形式の山門が印象的なこの寺には、本堂の向かって左に妻を正面に向けた庫裏(住職や家族の住む場所)が、楼門を入って右手に鐘楼が配されています。また境内の北側は天満神社への石段に接しています。
ご住職は周辺の歴史に明るい方です。宝巖寺ご住職が語る、11代尾藤庄蔵のエピソードはこちら。